Estudios estructurales en disolución de ácidos nucleicos con modificaciones químicas

Abstract

El objetivo general de esta Tesis es el de profundizar en el conocimiento de la estructura de los ácidos nucleicos en disolución, así como de las interacciones ADN-ADN y proteína-ADN. Para ello, se exploró el uso de oligonucleótidos con modificaciones químicas, que permitan estudiar de manera conveniente diversas facetas de los procesos de reconocimiento molecular. En concreto, se analizaron conjugados péptido-oligonucleótido como modelos para estudiar interacciones proteína-ADN. El proceso de reconocimiento proteína-ADN en la célula es fundamental en muchísimos procesos biológicos. Normalmente, los complejos proteína-ADN están estabilizados por un gran número de interacciones que, consideradas por separado, son débiles y difíciles de analizar cuantitativamente. Precisamente por su "debelidad", algunas interacciones con difíciles de estudiar aisladas en sistemas modelo pequeños. Uno de estos casos es la interacción entre amioácidos con cadenas aromáticas y las nucleobases del ADN. Para ello se estudió un sistema modelo consistente en unir covalentemente un oligonucleótidos con un péptido que contiene un residuo de triptófano. Muchos procesos de reconocimiento entre moléculas de ADN y proteínas se pueden facilitar si las dos moléculas que interaccionan están unidas covalentemente. Una posibilidad de estabilizar un dúplex de ADN es unir las dos cadenas covalentemente mediante un cross-link. Un nuevo tipo de cross-link, consiste en utilizar un conjugado péptido-oligonucleótido, en el que cadena peptídica contiene un residuo de cisteína, susceptible de formar un enlace disulfuro. Con objeto de explorar este tipo de uniones, en el capitulo 6 se estudia la estructura y estabilidad de un nucleopéptido autocomplementario, donde el cross-link peptídico une los dos extremos del dúplex. Como se ha mencionado anteriormente, los procesos de reconocimiento proteína-ADN son de gran importancia. Entre ellos fig